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MySQL Server の起動に --skip-innodb オプションを指定。
/etc/init.d/mysql restart --skip-innodb
以降、InnoDB テーブルを作成すると
mysql> CREATE TABLE test( cd INT, pactive INT) ENGINE=InnoDB;
Query OK, 0 rows affected, 1 warning (0.01 sec)

Warning (Code 1266): Using storage engine MyISAM for table 'test'

という具合に、強制的に MyISAM テーブルとして作成される。
ちなみに、無効にする前に存在していた InnoDB テーブルは使用できなくなる。

MySQL Server 5.0.27-standard
Vine Linux 4.2 (Lynch Bages)